Кроме того, на основании п. 4 Положения о Федеральной налоговой службе, утвержденного постановлением Правительства РФ от 30.09.04 г. № 506 (далее – Положение), ФНС России ведет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления и государственными внебюджетными фондами, общественными объединениями и иными организациями.
Одной из проблем, с которой могут столкнуться налогоплательщики при переходе с общего режима налогообложения на ЕСХН, является проблема восстановления НДС по товарно-материальным ценностям и основным средствам, приобретенным при применении общего режима налогообложения. Механизм разрешения спорной ситуации с НДС гл. 26.1 НК РФ не прописан. Кроме того, в настоящий момент отсутствуют официальные разъяснения налоговых органов относительно данного вопроса по ЕСХН.
Налоговые органы на основании подп. 3 п. 2 и п. 3 ст. 170 НК РФ полагают, что налогоплательщики, перешедшие на специальные налоговые режимы, должны восстановить суммы НДС, приходящиеся на недоамортизированную часть основных средств, а также на остаток товаров, приобретенных во время применения общеустановленной системы налогообложения, но реализованных после перехода на специальный режим налогообложения.
Позиция судебных органов в данном вопросе противоположна мнению налоговых органов.
В Постановлениях ФАС Уральского округа и ФАС Северо-Западного округа (Постановления кассационной инстанции от 22 января 2003 г. по делу N Ф09-8/03-АК, от 13 января 2003 г. по делу N Ф09-2817/02-АК, от 24 декабря 2002 г. по делу N Ф09-2660/02-АК, от 28 октября 2002 г. по делу N Ф09-2288/02-АК и Постановление от 11 сентября 2002 г. по делу N Ф04/3412-1263/А45-2002 соответственно) указывается, что положения ст. ст. 170 — 172 НК РФ не дают оснований для восстановления сумм НДС, принятых к вычету по приобретенным основным средствам и товарам в установленном порядке, при переходе в дальнейшем налогоплательщика на упрощенную систему налогообложения.
В Постановлении кассационной инстанции ФАС Уральского округа от 13 января 2003 г. по делу N Ф09-2817/02-АК указывается, что при восстановлении сумм «входного» НДС по таким операциям руководствоваться положениями п. 8 ст. 145 НК РФ неправомерно, поскольку они распространяются только на организации и индивидуальных предпринимателей, использующих право на освобождение от обязанностей плательщиков НДС. А глава 26.1 НК РФ специально не предусматривает механизм восстановления сумм «входного» НДС по таким товарам (работам, услугам) соответствующими организациями и индивидуальными предпринимателями.
Следовательно, организации и индивидуальные предприниматели, перешедшие на специальный режим налогообложения, не должны восстанавливать суммы «входного» НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным до, а использованным после перехода на этот режим.
Одной из важных проблем, с которой при изменении налогового сталкиваются налогоплательщики режима, работавшие по методу начислений, является перерасчет налоговой базы.
Поскольку при режиме ЕСХН доходы и расходы учитываются кассовым методом, организации на дату перехода должны включить в состав доходов суммы, полученные при применении общего режима налогообложения в оплату по договорам, исполнение которых будет произведено после перехода на уплату ЕСХН. Фактически это означает, что авансовые платежи, которые не учитывались при определении дохода при методе начисления на дату перехода к уплате ЕСХН, должны быть включены в налоговую базу.
Денежные средства, полученные организацией после перехода на ЕСХН, не включаются в налоговую базу, если эти суммы уже были учтены в доходах.